Las pérdidas de los portugueses también son importantes, aunque no tan graves como las sufridas entre las filas de los regimientos británicos. Han resultado muertos 189 hombres, heridos 594, y desaparecidos 4.
Si sumamos las bajas de los dos ejércitos aliados:
- MUERTOS 760.
- HERIDOS 1697.
- DESAPARECIDOS 44.
- TOTAL BAJAS 2501.
Los franceses tienen unas pérdidas también formidables. Sus bajas ascienden a 520 hombres, de los cuales la mitad son muertos. El resto, hasta completar esa cifra, son prisioneros caídos en manos de los aliados. Todos los heridos han sido abandonados en la iglesia de San Vicente, que estaba habilitada como hospital de sangre. Entre los capturados en las calles y los heridos, la estimación del número de bajas oscila entre los ya mencionados quinientos hombres, hasta superar los setecientos, en función de la fuente que se estudie.
Otro problema al que se enfrentan los defensores, además de la cantidad, es la calidad de las bajas sufridas. Los muertos y heridos entre la oficialidad es terrible. Entre los oficiales caídos están el Comandante Gillet, el Capitán Saint George, de los ingenieros, el Teniente de gastadores Wertvein (o Westrein), el Jefe del 1º Batallón de Infantería de Línea Cramaille y de los Cazadores de Montaña Luppé. Entre los heridos, además del General Rey, alcanzado en la cabeza, estaba el Coronel Songeon y el Coronel Sentuary, el Comandante del 62º Blanchard, el jefe de artillería Brion, y los Capitanes Hugon y Daguereaud, el Teniente de artillería Maillet, el Capitán de artillería Gorse, e incluso el capitán encargado de la defensa del Castillo Pavy.
Para muchos heridos franceses, el tormento comienza ahora. Hay cantidad de heridos de diversa consideración, muchos en estado crítico, que refugiados en el monte Urgull, carecen de los cuidados más básicos. Un ejemplo lo encontramos en el Subteniente Le Petit, que tras ser herido de gravedad en la defensa de la ciudad el 31 de Agosto, acabará falleciendo a consecuencia de sus heridas el 7 de Septiembre. Los que permanecen en la iglesia de San Vicente no tienen mejor suerte. Se encuentran mezclados con la cantidad de heridos aliados, careciendo todos ellos de los más mínimos cuidados durante tres días. Algunos se quejaron amargamente, afirmando no haber recibido ni siquiera un vaso de agua. La mortandad fue enorme a consecuencia de este lastimoso e inhumano abandono. Los heridos se encontraban tendidos al lado de los muertos, a quien nadie retiraba. El sufrimiento aumentaba continuamente el número de estos últimos.